Applications R Shiny pour la modélisation de la surveillance et lutte antivectorielle

Détails du projet

Année : 2021-2022

Client : Epiconcept pour le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies

Objectif : Amélioration de deux applications R Shiny pour soutenir le processus décisionnel dans le cadre de la surveillance et de la lutte contre les vecteurs des maladies de la dengue, du chikungunya, du virus Zika, et du virus du Nil occidental.

Livrables :

• Amélioration de la sécurité, du rendu, et de la gestion des erreurs de l’application AedesRisk.
• Traduction de l’application VeCa initialement écrite en MATLAB en une application R Shiny avec amélioration de la sécurité, du rendu, et de la gestion des erreurs.
• Mise à jour des guides d’utilisation.

Résumé des activités

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies a développé deux outils de modélisation pour soutenir le processus décisionnel dans le cadre de la surveillance et de la lutte antivectorielle :

• L’outil R-Shiny AedesRisk pour la dengue, le chikungunya, et la maladie à virus Zika.
• L’outil MATLAB Vector Control Analysis (VeCa) pour l’infection au virus du Nil occidental.

Nous avons ajouté les fonctionnalités suivantes à l’application AedesRisk existante (Figure 1):

• Blocage de l’accès aux bots.
• Contrôle automatisé des fichiers importés et gestion améliorée des erreurs et des journaux.
• Amélioration du modèle de calcul en matière de gestion de mémoire et de rapidité.
• Ajout de l’estimation des intervalles de prédiction aux simulations réalisées.

Nous avons également traduit l’outil VeCa existant en une application R-Shiny et y avons ajouté l’ensemble des fonctionnalités ajoutées à l’application AedesRisk.

Nous avons mis à jour les guides d’utilisation des deux applications et ajouté une étude de cas à l’application VeCa (figure 2).